Secara institusional Jurusan Musik adalah salah satu unsur penting dalam tubuh Institut Seni Indonesia Yogyakarta saat ini karena merupakan transformasi dari Akademi Musik Indonesia (AMI) Yogyakarta, yaitu salah satu dari tiga institusi pendahulu bersama Akademi Seni Tari Indonesia (ASTI) dan Akademi Seni Rupa Indonesia (ASRI) yang telah berkontribusi terhadap kelahiran Institut Seni Indonesia Yogyakarta pada tahun 1984. Hingga 2016 Jurusan Musik telah berupaya melaksanakan proses pencapaian Visi-Misi yang telah terumuskan sejak dua periode akreditasi terakhir (2007-2011 dan 2011-2016) untuk meraih otonomi keilmuan di bidang musik. Upaya pencapaian Visi-Misi tersebut terpicu oleh peraihan hibah Diki, tentang Pengembangan Kurikulum Berbasis Industri Kreatif dan Revitaslisasi Program Studi , pada tahun 2011, sejak itu Jurusan Musik mulai melakukan pengembangan kurikulumnya, yang berujung pada berdirinya program-program baru yang berkembang dari paket-paket konsentrasi program studi di Jurusan Musik. Sehubungan dengan terbitnya SK Taskforce Fakultas Musik yang keduakalinya pada tahun 2015 (red. yang pertama pada tahun 2003) maka kini di bawah naungan Institut Seni Indonesia Yogyakarta Jurusan Musik masih menantikan pencapaian cita-cita tersebut.
Sejak 2016 kurikulum Jurusan Musik terfokus pada bidang ilmu-ilmu musik, atau musikologi, dengan nama program yang berubah dari S1 Seni Musik menjadi Program Studi Sarjana Musik, sesuai dengan amanat perubahan Nomenklatur bidang studi dan gelar lulusan pada pendidikan tinggi di Indonesia. Perubahan pada Program Studi Sarjana Musik yang menyolok pada saat itu di antaranya ialah studi instrumen yang dibatasi pada alat-alat musik klasik Barat. Pembatasan ini semata-mata dikarenakan keterbatasan Sumber Daya Manusika (SDM) yang dimiliki Jurusan Musik.
Pada tahun 2021 ini Program Studi (PS) Musik baru selesai melakukan evaluasi kurikulumnya dalam rangka pelaksanaan program Merdeka Belajar Kampus Merdeka (MBKM). Di samping itu PS pada saat ini PS sedang berupaya mempertahankan Akreditasi “A” yang telah dicapainya sejak 2017, agar meningkat ke depannya menjadi terakreditasi “Unggul.”