Sejak 2012 hingga saat ini Jurusan Musik sedang berada pada tahap pengembangan kuriukulum berbasis kebijakan pemerintah berdasarkan peraturan Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI) dan Undang-undang No. 12/ 2012 tentang pendidikan tinggi. Dalam proses pengimplementasian kebijakan-kebijakan tersebut pengembangan kurikulum Jurusan Musik pada saat ini terinspirasi oleh beberapa hal, yaitu: yaitu: 1) Sejarah Jurusan Musik, 2) Permasalahan internal saat ini yang sangat mendesak untuk diselesaikan, terkait dengan peningkatan animo pendaftar yang signifikan, 3) masa depan Jurusan Musik terkait dengan rencana strategis ISI Yogyakarta, khususnya pendirian Fakultas baru yang ditargetkan terwujud pada tahun 2019, dan 4) yang terkini ialah tuntutan Undang-Undang No. 12 Tahun 2012 dan Peraturan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi (Permenristekdikti) No. 44 Tahun 2015 tentang Standar Nasional Pendidikan Tinggi (SNPT) yang berbasis Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia, atau KKNI (Peraturan Presiden No. 8 tahun 2012).
Keempat isu tersebut diperkuat oleh dorongan dari berbagai pihak di lingkungan ISI Yogyakarta, khususnya Senat Institut dan Senat Fakultas Seni Pertunjukan, agar Jurusan Musik segera mereposisi dirinya menjadi Fakultas Musik. Hasrat untuk meraih otonomi di bidang keilmuan musik di bawah organisasi Fakultas Musik, dalam praktiknya sejalan dengan program Jurusan untuk mengembangkan kurikulumnya menjadi beberapa program studi baru. Pengembangan Fakultas Musik diawali dengan konsolidasi internal yang menghasilkan keputusan bersama di antara para dosen untuk mengembangkan kurikulum S1 Seni Musik kepada beberapa program baru. Strategi pengembangan program-program baru dilakukan dengan mengembangkan bobot kompetensi pendukung yang saat itu terakomodasi dalam paket-paket pilihan konsentrasi hingga mencapai bobot kompetensi utama yang pada akhirnya menjadi laik untuk diusulkan sebagai program-program baru.
Setelah melalui negosiasi selama beberapa tahun akhirnya telah dicapai kesepahaman di antara Jurusan Musik dengan Senat Institut mengenai program-program yang akan diusulkan, yaitu dengan mengacu pada Paradigma Baru Pendidikan Tinggi Seni (2007). Dengan demikian program-program awal yang diusulkan saat itu untuk membangun Fakultas Musik berada dalam ranah-ranah pengkajian (seni musik), penyajian (pop-jazz), penciptaan (komposisi musik), dan pendidikan (pendidikan musik). Sebagai buah dari upaya pengembangan kuriukulum tersebut akhirnya sejak tahun 2014 Jurusan Musik telah memiliki empat program studi pengembangan. Di samping Program Studi S-1 Seni Musik sebagai program induk, kini ketiga program pengembangan tersebut, yaitu S-1 Pendidikan Musik, S-1 Penciptaan Musik, dan D-4 Penyajian Musik, sejak tahun 2015 telah mendapatkan ijin operasional penyelenggaraan pendidikan dari Kemeterian Riset Teknologi dan Pendidikan Tinggi.
Pendirian Fakultas Musik melalui proses reposisi kelembagaan dari Jurusan menjadi Fakultas telah masuk ke dalam perencanaan ISI Ygogyakarta. Pada Rencana Strategis (RENSTRA) ISI Yogyakarta 2015-2016 pengembangan Fakultas Musik terakomodasi dalam salah satu sasaran strategis dan indikator kinerja program penyempurnaan dan implementasi statuta dan Organisasi Tata Kelola (OTK), yaitu terlaksananya satu fakultas baru sesuai dengan tuntutan kebutuhan. Secara bertahap target capaian dari tahun pertama hingga kelima ialah: 50%, 75%, 80%, 90%, dan 100%. Dengan demikian di akhir tahun 2017 ini target yang akan dicapai ialah 80%. Untuk mencapai target-target tersebut ISI Yogyakarta telah membentuk taskforce pendirian Fakultas Musik. Taskforce pertama telah bekerja untuk periode 2016 dan menghasilkan draft awal dokumen Naskah Akademik pengusulan Fakultas Musik. Pada tahun 2017 Tim Taskforce Fakultas Musik mentargetkan perbaikan naskah dan mengajukan pengusulan ke Kementerian Riset Teknologi dan Pendidikan Tinggi. Hingga tahun 2021 ini Jurusan Musik masih menantikan upaya para Senator, khususnya yang memiliki afiliasi dengan program-program musik di Fakuktas Seni Pertunjukan, terkait dengan tindak lanjut pencapaian cita-cita tersebut.