Sebagai sebuah institusi, Jurusan Musik yang kini berstatus sebagai Program Studi Seni Musik, memiliki latar belakang historis yang jauh lebih tua daripada keberadaan ISI Yogyakarta sendiri yang lahir pada tahun 1984. Keberadaan Akademi Musik Indonesia (AMI) Yogyakarta sebagai pendahulu Jurusan Musik telah mulai sejak tahun 1964. Akar historis AMI Yogyakarta sebagai embrio awal Program Studi Seni Musik bahkan lebih tua lagi, yaitu pada tahun 1952 yang saat itu terlahir dengan nama Sekolah Menengah Musik Indonesia (SMIND) di Yogyakarta. Pada tahun 1957 SMIND terdistribusi kepada dua jenjang pendidikan, yaitu SMIND-A untuk tingkat pendidikan menengah dan SMIND-B untuk tingkat pendidikan tinggi.
SMIND-A kemudian berkembang menjadi pendidikan menengah vokasi berdurasi empat tahun dengan nama baru, yaitu Sekolah Menengah Musik (SMM). Seiring dengan perjalanan waktu pada saat ini SMM telah menyesuaikan diri dengan kebijakan pemerintah dan akhirnya dimasukkan ke dalam kelompok sekolah vokasi yang disebut Sekolah Menengah Kejuruan (SMK). Kini SMM menjadi SMK II yang berlokasi di Kasihan, Bantul, dengan basis kompetensi di bidang penyajian musik klasik. Sementara itu pada tanggal satu Agustus tahun 1964 SMIND-B secara resmi bertransformasi menjadi AMI Yogyakarta dengan mengembangkan tiga program studi seniman-sarjana (Seniman setingkat Sarjana), yaitu program studi: 1) Musik Sekolah, 2) Sastra Musik, dan 3) Teori dan Komposisi Musik.
Pada tahun 1984, bersama dengan dua akademi seni lainnya, yang saat itu berada di bawah direktorat kebudayaan, Departemen PD (Pendidikan Dasar) dan K (Kebudayaan), yaitu Akademi Seni Tari Indonesia (ASTI) Yogyakarta dan Akademi Seni Rupa Indonesia (ASRI) Yogyakarta, AMI Yogyakarta bergabung ke dalam tubuh organisasi baru baru di bawah Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi, dengan nama ISI Yogyakarta. Saat itu AMI Yogyakarta bertransformasi menjadi Jurusan Musik yang berada di bawah Fakultas Kesenian (FK) dengan tetap melanjutkan tiga program studi sebelumnya sebagai warisan dari AMI Yogyakarta.
Sementara ASRI bertransformasi menjadi Fakultas baru yang berdiri sendiri, yaitu Fakultas Seni Rupa dan Desain (FSRD), yang di tengah perjalanan kemudian berkembang menjadi dua fakultas terpisah yaitu Fakultas Seni Rupa (FSR) dan Fakultas Seni Media Rekam (FSMR), AMI Yogyakarta dan ASTI Yogyakarta bergabung ke dalam sebuah fakultas baru, yang semula bernama Fakultas Kesenian (FK). Dalam perkembangannya FK kemudian berubah menjadi Fakultas Seni Pertunjukan (FSP) hingga saat ini. Sebagai konsekuensi dari proses integrasi ke FSP, ASTI terpecah menjadi lima Jurusan yang masing-masing membawahi satu program studi dalam tubuh FSP. Sementara itu AMI Yogyakarta tetap berdiri sendiri sebagai sebuah Jurusan Musik dengan satu program studi saja, yaitu S1 Seni Musik, sebagai hasil merger dari program-program musik sebelumnya.
Di samping seni musik, kelima program studi FSP tersebut ialah: 1) S1 Seni Tari, 2) S1 Seni Karawitan, 3) S1 Seni Pedalangan, 4) S1 Seni Teater, dan 5) S1 Etnomusikologi. Dengan demikian tidaklah mengherankan jika kini Program Studi Seni Musik menjadi program studi berkapasitas terbesar, yang bukan hanya dalam lingkup FSP tapi juga ISI Yogyakarta. Hingga semester Gasal 2013-2014 Program Studi Seni Musik tercatat memiliki 668 mahasiswa dan didukung oleh 51 dosen tetap (Data Mahasiswa FSP ISI Yogyakarta Semester Gasal 2013/2014) di samping itu juga didukung oleh kurang lebih limabelas dosen tidak tetap atau TPLB (Tenaga Pengajar Luar Biasa), berasal dari pakar-pakar dibidang musik.
Sejak tahun 1984 hingga kini program studi seni musik telah melalui tujuh periode perubahan yang masing-masing berlangsung dalam putaran rata-rata periode empat tahun.
Periode pertama berlangsung dari 1984 hingga 1986. Saat itu program studi seni musik masih terpisah ke dalam tiga program studi warisan AMI Yogyakarta, dan dilengkapi dengan sebuah program diploma D-3 Penyaji Musik. Secara administratif program diploma tersebut dikelola pada fakultas baru yang berbeda, yaitu Fakultas Non Gelar Kesenian (FNGK).
Pada periode kedua (1987-1992) program-program seni musik masih dikelola oleh dua fakultas yang berbeda, yaitu FK dan FNGK – perlu dicatat bahwa FNGK tidak hanya mengelola program diploma musik melainkan juga seluruh bidang kesenian yang mewakili masing-masing Jurusan. Periode ini tidak memiliki perbedaan yang signifikan dengan periode sebelumnya kecuali Program Studi Sastra Musik kemudian berubah menjadi Program Studi Musikologi. Perubahan tersebut tampaknya disebabkan oleh tuntutan yang berbeda di antara program Sastra Musik pada masa AMI Yogyakarta, yang menerapkan ujian Resital sebagai persyaratan kelulusan, dengan tuntutan Sastra Musik pada masa ISI Yogyakarta, yang lebih mengarah kepada pengembangan akademis di bidang keilmuan yang memperyaratkan karya tulis atau skripsi. Dengan demikian dapat dikatakan bahwa embrio Program D3 Penyaji Musik adalah juga Program Studi Sastra Musik pada masa AMI Yogyakarta.
Pada periode ketiga (1993-1996) Program Studi Teori dan Komposisi Musik dihapus sehingga untuk pertama kalinya Jurusan Musik hanya menjalankan dua program. Program studi pertama ialah S-1 Seni Musik yang mengakomodasi dua konsentrasi, atau minat utama, yang berasal dari dua prodi sebelumnya yaitu Musik Sekolah dan Musikologi. Program yang kedua ialah jenjang diploma D-3 Penyaji Musik, yang saat itu dijalankan semata-mata untuk menghabiskan sisa-sisa mahasiswa program-program FNGK yang ditutup karena kurang memenuhi beberapa persyaratan standar kelayakan akreditasi nasional.
Sejak awal Periode keempat (1997-2000), kecuali Jurusan Desain pada FSR, tampaknya telah terjadi pergeseran sistem pada seluruh Jurusan di ISI Yogyakarta, yaitu penyempitan dari multi program ke mono program. Mono program ialah pelaksanaan satu program pada satu Jurusan. Sehubungan dengan itu Program Studi S-1 Teori dan Komposisi Musik dihapus. Sementara itu Dengan dihapusnya Program Studi D-3 Penyaji Musik maka Jurusan Musik hanya membawahi satu program studi saja, yaitu S-1 Seni Musik. Sama dengan periode sebelumnya S-1 Seni Musik masih mengakomodasi dua minat utama, yaitu Musik Sekolah dan Musikologi.
Pada periode kelima (2001-2004) telah terjadi perubahan nama minat utama Program Studi S1-Seni Musik, yaitu dari istilah “Musikologi” menjadi “Pengkajian Musik.” Namun demikian dengan berbagai pertimbangan akhirnya pada periode keenam (2005-2008) istilah “Musikologi” digunakan kembali sebagai minat utama.
Pada periode keenam terjadi perkembangan yang signifikan, yaitu kembalinya idealisme lama sebagai ekspresi interpretatif instruksi pengembangan kurikulum berbasis kompetensi dengan menambahkan dua minat baru, yaitu Musik Pertunjukan dan Komposisi Musik. Bahkan pada tahun 2008 dilengkapi dengan minat yang saat itu masih kontroversial, yaitu bidang musik teknologi, yang hingga kini telah disepakati bernama Musik Pop-Jazz. Pada periode ini kelima minat yang dikembangkan telah menginspirasi sivitas akademika untuk memposisikannya kelima minat utama tersebut sebagai kompetensi utama sehingga dalam panduan akademik (lihat Buku Petunjuk ISI Yogyakarta terbitan 2005-2006 hingga 2007-2008) sebaran mata kuliahnya terdistribusi ke dalam lima kurikulum terpisah. Tampaknya cita-cita yang disusung kepengurusan Jurusan Musik saat itu mengarah kepada pengembangan kurikulum dari satu menjadi empat program terpisah. Hal tersebut tampaknya merupakan penafsiran Jurusan Musik saat itu terhadap kebijakan pemerintah tentang kurikulum berbasis kompetensi (lihat Permendiknas 045/2002) bahwa kompetensi-kompetensi bidang musik yang mendesak untuk diakomodasi adalah keempat minat utama tersebut.
Kehadiran varietas minat ini dalam kenyataannya telah membanggakan seluruh sivitas akademika Jurusan Musik. Kebanggaan yang bersifat idealistik tersebut telah menyadarkan kembali harapan para sivitas akademika akan terwujudnya pengembangan Jurusan Musik menjadi Fakultas Musik yang sebelumnya telah diupayakan bersama sejak 2003 melalui berbagai dialog internal yang berbuah pada penerbitan SK Rektor No. 85/KEP/2003 tentang pengangkatan tim Task Force Fakultas Musik Institut Seni Indonesia Yogyakarta. Namun sayang tim taskforce tidak berhasil mengembangkan keempat minat utama tersebut menjadi program baru sehingga persiapan Fakultas Musik menjadi tersendat sehingga pemisahan keempat kurikulum minat utama berdampak pada ketidakfokusan arah kompetensi utama. Dalam pelaksanaan administrasi pendidikan, kompetensi utama sebuah program studi yang arah kurikulumnya tidak fokus dan sporadic tersebut telah menimbulkan kesulitan.
Pada periode ketujuh (2009-2012), pengembangan kurikulum berbasis kompetensi Program Studi Seni Musik lebih banyak dipengaruhi oleh Paradigma Baru Pendidikan Tinggi Seni (2007). Di samping itu Jurusan Musik juga mulai mencermati secara lebih teliti dan berusaha memahami tuntutan kebijakan pemerintah mengenai kurikulum berbasis kompetensi tersebut. Perubahan yang terjadi pada periode ini sangat drastis yaitu membalik varietas idealisme “minat utama” yang bernada “kompetensi utama” menjadi “kompetensi pendukung” dalam bentuk paket-paket pilihan, dan mengurangi bobotnya hingga maksimum 20% saja dari keseluruhan sks yang ditawarkan. Padahal menurut Permendiknas 045/2002, bobot kompetensi pendukung dapat dikembangkan hingga 40%. Namun perlu dicatat bahwa sebagai akibat dari penyempitan tiga program menjadi satu program dalam sebaran kurikulum Sembilan semester pada saat itu, jumlah Sks pada S-1 Seni Musik adalah 160. Pada periode ini kompetensi utama mengarah kepada profil general practicioner di bidang musik. Profil tersebut adalah sesuai dengan arahan rambu-rambu pendidikan tinggi pada paradigm baru Pendidikan Tinggi Seni Indonesia, (Tim PKPTSI, 2007). Dengan demikian kompetensi utama S-1 Seni Musik tidak merupakan variabel sub kompetensi musik melainkan dikonfrontasikan dengan program lain, yaitu sebagai pembeda dari program-program lain di bawah payung bidang Seni Pertunjukan, yaitu seni tari, seni teater, etnomusikologi, seni pedalangan, dan seni karawitan.
Tujuan dari revisi pada periode ini (2009-2014), pertama-tama adalah sebagai upaya untuk menyelaraskan diri dengan pengaturan struktur kompetensi pada kurikulum nasional berdasarkan Permendiknas No. 045/ 2002. Di samping itu, yang kedua, adalah sebagai evaluasi diri dalam upaya memahami posisi keilmuan Seni Musik berdasarkan nomenklatur kodifikasi bidang ilmu yang telah tercatat pada daftar Nama Rumpun Ilmu, Sub Rumpun Ilmu dan Bidang Ilmu Dalam Rumpun (Ditjen Dikti, 2012). Pada kodifikasi tersebut tampak dengan jelas bahwa Seni Musik adalah salah satu ranting dari Ilmu “Seni Pertunjukan” yang merupakan sub rumpun dari induknya, yaitu rumpun illmu “Seni, Desain, dan Media.” Dengan demikian pembedaan karakteristik Kompetensi Utama sebagai ciri prodi dari kurikulum S-1 Seni Musik tidak bisa dibedakan terhadap variabilitas yang ada dalam seni musik sendiri melainkan terhadap ranting-ranting seni pertunjukan yang lain, seperti seni tari, seni teater, seni pedalangan, dan seni karawitan. Sehubungan dengan itu variabel-variabel kompetensi seni musik yang disebut Minat Utama selaiknya diposisikan ke dalam “kompetensi pendukung” dengan bobot maksimum 40% dari total Sks yang ditawarkan (lihat Permendiknas No. 045/ 2002).
Pada awalnya perubahan ini mendapat pertentangan sengit dari semua kelompok dosen yang berada pada kelima konsentrasi sub kebidangan seni musik. Hal tersebut disebakan oleh bobot kebidangan kompetensi-kompetensi yang sangat ingin mereka kembangkan justru dipersempit. Namun setelah mencermati rambu-rambu kurikulum yang terdapat dalam Permendiknas 045/ 2002 dengan teliti, dan juga Rambu-rambu Akademik Pendidikan Tinggi Seni di Indonesia yang diterbitkan oleh Direktur Pembinaan Akademik dan Kemahasiswaan, Dikti (2007), secara bertahap akhirnya perubahan tersebut dapat diterima.
Dengan demikian secara ringkas perkembanganJurusan Musik dapat dikelompokkan dalam empat periode yaitu: 1) Konservasi program lama, 2) efisiensi pengelolaan program, 3) implementasi kurikulum berbasis kompetensi, dan 4) implementasi kurikulum berbasis pardigma baru pendidikan tinggi seni Indonesia. Pada saat ini Jurusan Musik menghadapi tantangan baru yaitu 5) implementasi kurikulum bebasi Kerangka Kualifikasi Nasinal Indonesia (KKNI).